Geistliche Vokalmusik:

Opus I
  • Geistliche Musik fränkischer Meister des 17. und 18. Jahrhunderts. Würzburger Domorchester/Würzburger Domsingknaben/Faulstich/Koesler (Christophorus SCGLX 73820) Op 1/1 (Declina a malo)
  • Missa in F „Declina a malo“ Op 1/1. Capella Nova Civitas/Nowak (Produktion W. Hömmerich, Bonn) Op 1/1 (Declina a malo)
  • Der Bamberger Domchor. Bamberger Domchor (Abanori) Op 1/3 (Suavis est Dominus)
  • Valentin Rathgeber. Capella Herbipolensis/Meurer/Linsenmeyer (Tonstudio Würzburg) Op 1/8 (Ego delectabor in Domino)
  • Musica Sacra I. Pueri Cantores Wratislavienses/Nowak: Missa in F
  • In memoriam L. Friedl und die Altenburger Sängerknaben. Altenburger Sängerknaben: Missa da Requiem
Opus III
  • Johann Valentin Rathgeber - Sacred Works. Monteverdi Ensemble Würzburg/Beckert (cpo 777 425-2) Op 3/1
  • Missa in D Principalis S. Constantini Op 3/3 (Carus FSM 53140)
  • Fränkische Kirchenmusik des Barock. Bamberger Domchor/Bamberger Symphoniker/ Metschnabl/Wünsch (Colosseum SM 550) Op 3/7 (Verbum caro factum est)
Opus V
  • Fränkische Kirch enmusik des Barock. Bamberger Domchor/Bamberger Symphoniker/ Metschnabl/Wünsch (Colosseum SM 550) Op 5 (Te Deum)
  • "Freu Dich Du Himmelskönigin". Valentin Rathgeber Marienwerke. Rathgeber-Ensemble/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 5/1 (Lauretanische Litanei) Op 5/16 (Salve Regina)
  • Rosenkranzkönigin. BFM Bad Königshofen i.Gr./Bieber, Wezel (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op  5/2 (Te Deum)
  • Johann Valentin Rathgeber - Sacred Works. Monteverdi Ensemble Würzburg/Beckert (cpo 777 425-2) Op 5/1 (Lauretanische Litanei) Op 5/10 (Ave Regina coelorum) Op 5/16 (Salve Regina)
Opus VII
  • "Freu Dich Du Himmelskönigin". Valentin Rathgeber Marienwerke. Rathgeber-Ensemble/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 7/1 (Missa Assumptionis Mariae)
  • Rosenkranzkönigin. BFM Bad Königshofen i.Gr./Bieber, Wezel (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 7/8 (Missa Sancti Rosarii B.V.M.)
  • Missa c-Moll "Septem dolorum B. V. Mariae" Op VII/9. Kammerchor des Philharmonischen Chores Augsburg (Teldec 1985) 
Opus X
  • Musik aus Kloster Banz - Rathgeber. Fränkisches Kammerorchester/Riedelbauch (Mit CD 16284) Op 10/5.15
  • Valentin Rathgeber - Geistliche Werke. Würzburger Domchor/Koesler; Fuchs/Fleischmann/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 10/1.2.4
  • Rosenkranzkönigin. BFM Bad Königshofen i.Gr./Bieber, Wezel (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 10/14
Opus XI
  • "Freu Dich Du Himmelskönigin". Valentin Rathgeber Marienwerke. Rathgeber-Ensemble/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op11/13 (Ave Maris Stella)
  • Rosenkranzkönigin. BFM Bad Königshofen i.G r./Bieber, Wezel (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 11/25 (Ave Maris Stella)
  • Johann Valentin Rathgeber - Sacred Works. Monteverdi Ensemble Würzburg/Beckert (cpo 777 425-2) Op 11/14 (Te Joseph celebrent) Op 11/15 (Laudibus cives)
Opus XII
  • Johann Valentin Rathgeber. "Messe von Muri" - Concertos. Cappella Murensis, ensemble arcimboldo/Strobl (Audite LC 04480) Op 12/12 (Messe von Muri) 
Opus XIV
  • Valentin Rathgeber. Capella Herbipolensis/Meurer/Linsenmeyer (Tonstudio Würzburg) Op 14a/1 (Andreasoffertorium) Op 14a/5 (Weihnachtsoffertorium)
  • Fränkische Kirchenmusik des Barock. Bamberger Domchor/Bamberger Symphoniker/ Metschnabl/Wünsch (Colosseum SM 550) Op 14a/5 (Weihnachtsoffertorium)
  • Johann Valentin Rathgeber - Sacred Works. Monteverdi Ensemble Würzburg/Beckert (cpo 777 425-2) Op 14a/18 (Benediktoffertorium)
  • Rosenkranzkönigin. BFM Bad Königshofen i.Gr./Bieber, Wezel (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 14c/49 (Rosenkranzoffertorium)
Opus XV
  • "Freu Dich Du Himmelskönigin". Valentin Rathgeber Marienwerke. Rathgeber-Ensemble/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 15/4 (Ave Maria)
Opus XVI
  • "Freu Dich Du Himmelskönigin". Valentin Rathgeber Marienwerke. Rathgeber-Ensemble/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op16/2 (Alma Redemptoris) Op 16/12 (Ave Regina) Op 16/16 (Regina Coeli)
  • Johann Valentin Rathgeber - Sacred Works. Monteverdi Ensemble Würzburg/Beckert (cpo 777 425-2) Op 16/10.12 (Ave Regina coelorum) Op 16/19.20 (Salve Regina)
  • Rosenkranzkönigin. BFM Bad Königshofen i.Gr./Bieber, Wezel (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op16/24 (Salve Regina)
Opus XVII
  • Valentin Rathgeber. Capella Herbipolensis/Meurer/Linsenmeyer (Tonstudio Würzburg) Op 17 (Ps 111)
Opus XIX
  • Missa Sanctorum Apostolorum C-Dur Op 19/1, Sechs Weihnachtspastorellen. Chor St. Quirinus Rosenheim/Hamberger/Huber (Calig CAL 30 463) Op 19/1
  • Musik aus Kloster Banz - Rathgeber. Fränkisches Kammerorchester/Riedelbauch (Mit CD 16284) Op 19/1
  • Valentin Rathgeber - Geistliche Werke. Würzburger Domchor/Koesler; Fuchs/Fleischmann/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 19/2
Opus XX
  • "Freu Dich Du Himmelskönigin". Valentin Rathgeber Marienwerke. Rathgeber-Ensemble/Gaß (Valentin-Rathgeber-Gesellschaft) Op 20/17 (Sancta)
  • Johann Valentin Rathgeber - Sacred Works. Monteverdi Ensemble Würzburg/Beckert (cpo 777 425-2) Op 20/29 (Vir Dei)